RA Prof. Dr. Müggenborg ist Mitglied folgender Institutionen:
- Vorsitzender des Umweltrechtsausschusses des DeutschenAnwaltVereins (DAV)
- Stellv. Vorsitzender der Arbeitsgemeinschaft für Verwaltungsrecht im DAV für Mitteldeutschland (ehemals genannt: Landesgruppe Sachsen/Sachsen-Anhalt/Thüringen)
- DAV-Arbeitsgemeinschaft für Verwaltungsrecht - Landesgruppe Nordrhein-Westfalen
- Mitherausgeber der Zeitschrift "Natur und Recht" (seit Jan. 2018)
- Nebenamtliches Mitglied des Landesjustizprüfungsamtes im Ministerium der Justiz des Landes Sachsen-Anhalt (seit 1995)
- Gesellschaft für Umweltrecht, Berlin
- Arbeitskreis betrieblicher Umweltschutz der IHK Aachen
- Sachkundigerr Bürger im Umweltausschuss der Stadt Aachen
- Mitglied im Beraternetzwerk der Gründer- und Wachstumsinitiative AC2